Theo Khoản 3 Điều 6 Thông tư 68/2019/TT/BTC những doanh nghiệp rủi cao về thuế là những doanh nghiệp thuộc các đối tượng sau:

1) Các trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế được khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế gồm:

a) Doanh nghiệp, tổ chức nêu tại khoản 1 Điều này đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử kết nối từ máy tính tiền.

Trong đó, doanh nghiệp thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế là doanh nghiệp có vốn chủ sở hữu dưới 15 tỷ đồng và có 01 trong các dấu hiệu:

+) Không có quyền sở hữu, quyền sử dụng hợp pháp các cơ sở vật chất sau: nhà máy; xưởng sản xuất; kho hàng; phương tiện vận tải; cửa hàng và các cơ sở vật chất khác.
+) Doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực khai thác đất, đá, cát, sỏi.
+) Doanh nghiệp có giao dịch qua ngân hàng đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền.
+) Doanh nghiệp có doanh thu từ việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho các doanh nghiệp khác mà chủ các doanh nghiệp này có mối quan hệ cha mẹ, vợ chồng, anh chị em ruột hoặc quan hệ liên kết sở hữu chéo chiếm tỷ trọng trên 50% trên tổng doanh thu kinh doanh trên Tờ khai quyết toán thuế TNDN của năm quyết toán.
+) Doanh nghiệp không thực hiện kê khai thuế theo quy định: Không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai
+) Doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử có sự thay đổi địa chỉ kinh doanh từ 2 lần trở lên trong vòng 12 tháng mà không khai báo theo quy định hoặc không kê khai, nộp thuế ở nơi đăng ký mới theo quy định.
+ Trong thời gian 01 năm tính đến thời điểm đánh giá (Doanh nghiệp bị cơ quan
Thuế xử phạt về hóa đơn bất hợp, gian lận trốn thuế, và bị xử phạt từ 20 triệu đồng trở lên).

Doanh nghiệp bị cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn liên quan đến hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, sử dụng bất hợp pháp hóa đơn dẫn đến trốn thuế, gian lận thuế, nộp chậm tiền thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế và bị xử phạt từ 20 triệu đồng trở lên;

b) Hộ, cá nhân kinh doanh trong lĩnh vực nhà hàng, khách sạn, bán lẻ thuốc tân dược, bán lẻ hàng tiêu dùng, cung cấp dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng tại một số địa bàn có điều kiện thuận lợi thì triển khai thí điểm hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế được khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế từ năm 2018.

3. Việc áp dụng hóa đơn điện tử đối với các trường hợp rủi ro cao về thuế được thực hiện như sau:

a) Người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế quy định tại điểm b khoản này thì sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.

b.4) b.5) thuế hoặc kể từ ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh theo giấy phép đăng ký kinh doanh; nghỉ kinh doanh quá thời hạn đã thông báo tạm nghỉ kinh doanh với cơ quan thuế và cơ quan thuế kiểm tra xác nhận doanh nghiệp có sản xuất kinh doanh nhưng không kê khai thuế; không còn hoạt động kinh doanh tại địa chỉ đã đăng ký kinh doanh và không khai báo với cơ quan thuế hoặc cơ quan thuế kiểm tra không xác định được nơi đăng ký thường trú, tạm trú của người đại diện theo pháp luật, chủ doanh nghiệp.

b.6) b.7) Doanh nghiệp đang mua hóa đơn của cơ quan thuế (thực hiện Quyết định “về việc doanh nghiệp có rủi ro cao chuyển sang sử dụng hóa đơn của cơ quan thuế”) được cơ quan thuế Thông báo chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.

b.8) Trong thời gian 01 năm tính đến thời điểm đánh giá:

– Doanh nghiệp bị cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn liên quan đến hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, sử dụng bất hợp pháp hóa đơn dẫn đến trốn thuế, gian lận thuế, nộp chậm tiền thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế và bị xử phạt từ 20 triệu đồng trở lên;
– Doanh nghiệp bị cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn 02 lần/năm với tổng số tiền phạt 8 triệu đồng trở lên;
– Doanh nghiệp bị cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn từ 03 lần/năm.

c) Tổng cục Thuế có trách nhiệm xây dựng tiêu chí rủi ro trình cấp có thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền; xây dựng quy trình nghiệp vụ và hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin áp dụng thống nhất trong toàn quốc nhằm đánh giá xác định các trường hợp có dấu hiệu rủi ro trong việc phát hành và sử dụng hóa đơn.

d) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Cục thuế, Chi cục thuế) có trách nhiệm thông báo cho doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuộc loại rủi ro cao về thuế (thông báo theo Mẫu số 07 Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 119/2018/NĐ-CP) chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.

đ) Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế có sử dụng hóa đơn điện tử thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế thực hiện áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế trong 12 tháng hoạt động liên tục. Sau thời gian 12 tháng, doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuộc trường hợp rủi ro nếu được cơ quan thuế qua rà soát xác định không rủi ro, đáp ứng được điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử không mã, và có đề nghị sử dụng hóa đơn điện tử không có mã thì thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế theo quy định tại Điều 20 Nghị định số 119/2018/NĐ-CP.